적자 스타트업의 이월결손금 15년, 흑자 첫해 법인세를 줄이는 구조와 소급공제

창업 초기 몇 년 동안 적자를 내다가 매출이 본격적으로 붙기 시작하면, 대표님들이 가장 먼저 걱정하시는 것이 "이제부터 법인세를 얼마나 내야 하나"입니다. 그런데 그동안 쌓인 적자는 그냥 사라지는 것이 아닙니다. 세법상 결손금으로 신고해 두었다면 흑자로 돌아선 사업연도의 소득에서 공제받을 수 있고, 중소기업이라면 그 한도도 넓습니다.

반대로 작년에 이익을 내 법인세를 냈는데 올해 적자가 예상되는 법인이라면, 작년에 낸 법인세 일부를 돌려받는 제도도 있습니다. 12월 결산법인은 올해 결산까지 두 달 남짓 남은 지금이 결손금을 어떻게 남기고 쓸지 정리해 둘 시점입니다. 이번 글에서는 이월결손금 공제와 결손금 소급공제의 요건, 그리고 결산 전에 확인할 사항을 정리해 드리겠습니다.

세법상 결손금은 회계상 적자와 다릅니다

법인세법에서 결손금은 그 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 금액을 말합니다(법인세법 제14조 제2항). 손익계산서의 당기순손실이 아니라, 세무조정을 거친 뒤의 금액이라는 점이 중요합니다.

예를 들어 회계상 적자가 2억원이더라도 업무추진비 한도초과액이나 업무무관 지출처럼 손금으로 인정되지 않는 금액이 있으면 세법상 결손금은 그보다 작아집니다. 이후 흑자 사업연도에 공제할 수 있는 금액도 이 세법상 결손금을 기준으로 합니다.

그리고 이월결손금으로 공제받으려면 그 결손금이 법인세 신고(또는 결정·경정, 수정신고)한 과세표준에 포함되어 있어야 합니다(법인세법 제13조 제1항 제1호 나목). 결손이 났다고 신고를 생략하시면 안 되는 이유입니다. 결손금이 있는 법인도 법인세 신고의무가 있습니다(법인세법 제60조 제3항).

이월결손금 공제: 15년 이내 발생분, 중소기업은 소득의 100%까지

흑자 사업연도의 과세표준은 각 사업연도 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 차례로 빼서 계산합니다. 이때 공제 대상 이월결손금은 해당 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 것이어야 합니다(법인세법 제13조 제1항 제1호 가목).

공제 한도는 법인 유형에 따라 다릅니다. 일반 법인은 각 사업연도 소득의 80%까지만 공제할 수 있지만, 조세특례제한법상 중소기업은 100%까지 공제할 수 있습니다(법인세법 제13조 제1항 단서).

예를 들어 2024년과 2025년에 세법상 결손금이 각각 3억원, 2억원 발생한 중소기업이 2026년에 소득 4억원을 냈다고 가정해 보겠습니다. 이월결손금 5억원 중 4억원을 공제하면 과세표준은 0원이 되고, 남은 1억원은 다음 사업연도로 넘어갑니다. 공제는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 차례로 합니다(법인세법 시행령 제10조 제2항). 결손금 공제가 없었다면 2026년 법인세 산출세액은 6,000만원(2천만원 + 2억원 초과분의 20%)입니다(법인세법 제55조 제1항).

같은 조건에서 중소기업이 아닌 법인이라면 소득의 80%인 3억2천만원만 공제되어 과세표준 8,000만원에 대해 800만원의 산출세액이 생기고, 1억8천만원이 이월됩니다.

참고로 2025년 12월 개정으로 현행 법인세율은 과세표준 2억원 이하 10%, 2억원 초과 200억원 이하 20%, 200억원 초과 3천억원 이하 22%, 3천억원 초과 25%입니다(법인세법 제55조 제1항 제1호). 개정 전에는 각각 9%, 19%, 21%, 24%였습니다.

결손금 소급공제: 작년에 낸 법인세를 돌려받는 방법

중소기업은 올해 결손금이 생기면 직전 사업연도에 낸 법인세 중 일부를 환급 신청할 수 있습니다(법인세법 제72조 제1항). 환급액은 직전 사업연도 산출세액에서, 직전 과세표준에서 올해 결손금을 뺀 금액에 직전 사업연도 세율을 적용한 세액을 차감해 계산합니다. 한도는 직전 사업연도 산출세액에서 공제·감면세액을 뺀 금액입니다(법인세법 시행령 제110조 제1항).

예를 들어 2025년 과세표준 1억5천만원에 대해 9% 세율로 1,350만원을 낸 중소기업이 2026년에 결손금 1억원이 생겼다고 가정해 보겠습니다. 소급공제 후 2025년 세액은 (1억5천만원 - 1억원) × 9% = 450만원이므로, 차액 900만원을 환급 신청할 수 있습니다.

다만 요건이 엄격합니다. 결손금이 발생한 사업연도와 직전 사업연도의 법인세를 모두 신고기한 내에 신고해야 하고(법인세법 제72조 제4항), 환급 신청도 결손 사업연도의 법인세 신고기한까지 해야 합니다(법인세법 제72조 제2항). 12월 결산법인의 신고기한은 다음 해 3월 31일입니다(법인세법 제60조 제1항).

또한 나중에 경정으로 결손금이 줄거나 중소기업이 아닌 것으로 확인되면 환급세액에 이자상당액(1일 10만분의 22)을 더해 다시 징수합니다(법인세법 제72조 제5항, 같은 법 시행령 제110조 제4항). 소급공제로 쓴 결손금은 이후 과세표준 계산 시 이미 공제된 것으로 보므로(법인세법 시행령 제10조 제3항 제3호), 내년 이후 이익 전망과 비교해 어느 쪽이 유리한지 판단하셔야 합니다.

세액감면을 받는 법인은 감가상각을 미룰 수 없습니다

적자 법인 중에는 감가상각비를 결산에 계상하지 않고 흑자 시점으로 미루려는 경우가 있습니다. 법인세법상 감가상각비는 법인이 결산에 손비로 계상한 금액을 상각범위액 안에서 손금으로 인정하는 구조이기 때문에(법인세법 제23조 제1항), 일반적으로는 상각 시점을 어느 정도 조절할 수 있습니다.

그러나 창업중소기업 세액감면처럼 법인세를 면제받거나 감면받는 사업연도에는 상각범위액만큼 감가상각비를 손금에 산입해야 합니다(법인세법 제23조 제3항, 같은 법 시행령 제30조 제1항). 감면 기간 중에 상각을 미뤄 두었다가 감면이 끝난 뒤 비용으로 쓰는 방식은 인정되지 않는다는 뜻입니다.

실무 포인트

① 적자여도 신고는 기한 내에 결손이 났더라도 법인세 신고는 반드시 기한 내에 하셔야 합니다. 신고한 과세표준에 포함된 결손금만 이월공제 대상이 되고, 소급공제는 결손 사업연도와 직전 사업연도 모두 기한 내 신고가 요건입니다.

② 소급공제와 이월공제 중 선택 작년에 법인세를 냈고 올해 적자가 예상된다면, 소급공제로 바로 환급받을지 이월결손금으로 남겨 내년 이후 소득에서 공제할지 비교해 보셔야 합니다. 세율이 오른 만큼 이월공제가 더 유리할 수 있고, 자금 사정상 당장의 환급이 더 중요할 수도 있습니다.

③ 결손금 잔액은 연도별로 관리 이월결손금 공제 후 소득에 다른 감면·공제를 적용할 때 최저한세나 감면 요건과 맞물리는 경우가 있습니다. 또 오래전 사업연도의 결손금은 발생 당시 법령에 따라 공제기간이 다를 수 있으므로, 결손금 발생연도별 잔액을 표로 관리해 두시는 것이 좋습니다.

결손금은 언제 어떻게 쓰느냐에 따라 실제 부담 세액이 크게 달라집니다. 올해 결산을 앞두고 이월결손금 잔액 확인, 소급공제 여부 판단, 감가상각 계획이 필요하시다면 모두세무회계그룹과 상담해 주시기 바랍니다.