스톡옵션 발행, 세무 관점에서 무엇을 챙겨야 할까
스타트업이나 비상장 벤처기업이 우수 인재를 확보하고 붙잡아두기 위해 가장 많이 쓰는 카드가 스톡옵션(주식매수선택권)입니다. 당장 현금을 많이 주지 못하는 대신, 회사가 성장했을 때의 과실을 나눠주겠다는 약속이죠. 그런데 스톡옵션은 "부여했다"로 끝나는 제도가 아닙니다. 부여 - 행사 - 매도로 이어지는 전 과정에서 회계처리와 세금 이슈가 계속 따라붙기 때문에, 발행 단계에서부터 구조를 잘 설계해두지 않으면 나중에 회사도 임직원도 곤란해지는 경우가 많습니다.
이 글에서는 비상장기업이 스톡옵션을 발행할 때 반드시 짚어야 할 세무적 쟁점을 정리해봤습니다.
1. 스톡옵션 발행, 기본 전제
회계·세무 이슈에 들어가기 전에 짚어야 할 전제가 있습니다.
스톡옵션은 상법상 정관에 근거 규정이 있어야 하고, 주주총회 특별결의(또는 정관에서 위임한 범위 내 이사회 결의)를 거쳐야 부여할 수 있습니다. 부여 대상, 수량, 행사가액, 행사기간, 부여철회 사유 등을 계약서(스톡옵션 부여계약서)에 명확히 기재해두어야 나중에 올바른 회계·세무 처리의 근거가 됩니다.
특히 행사가액을 얼마로 정하느냐가 이후 회계·세무 처리 전반에 걸쳐 핵심 변수가 되므로, 발행 시점에 가장 신중하게 결정해야 할 부분입니다.
2. 세무적 관점에서 유의할 점
세무 이슈는 법인(회사) 측면과 개인(임직원) 측면으로 나눠서 봐야 합니다.
(1) 법인세 측면 — 손금산입 여부
회사가 회계상 비용으로 인식한 주식보상비용이 법인세법상 손금으로 인정되는지는 별도의 검토가 필요합니다. 자기주식을 부여하는 방식인지, 신주 발행 방식인지 등 스톡옵션의 구조에 따라 손금산입 가능 여부와 시기가 달라질 수 있으므로, 세무대리인과 사전에 구조를 확인해두는 것이 좋습니다.
(2) 개인(임직원) 측면 — 행사이익 과세가 핵심
임직원이 스톡옵션을 행사하면 행사 당시 시가와 실제 행사가액(매수가액)의 차액이 원칙적으로 근로소득으로 과세됩니다. 문제는 이 금액이 생각보다 커서, 종합소득세 최고세율 구간(지방소득세 포함 최대 약 45%대)까지 적용될 수 있다는 점입니다. 이후 주식을 매도할 때는 양도소득세(비상장주식 기준 20~25%대)까지 별도로 부과되기 때문에, "행사 시 근로소득세 + 매도 시 양도소득세"라는 이중 부담 구조를 임직원에게 미리 안내해야 분쟁을 줄일 수 있습니다.
(3) 벤처기업이라면 활용할 수 있는 3가지 조세특례
비상장 스타트업 중 벤처기업 인증을 받은 회사라면, 조세특례제한법상 다음과 같은 특례를 검토할 수 있습니다. 세 가지 특례는 동시 적용도 가능합니다.
① 행사이익 비과세 특례 (조특법 제16조의2)
- 벤처기업의 임원·종업원이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션을 행사해 얻은 이익 중 연간 2억 원 이내는 소득세를 과세하지 않습니다.
- 다만 벤처기업 1개사 기준 누적 비과세 한도는 5억 원을 초과할 수 없습니다.
- 회사(원천징수의무자)가 비과세특례적용명세서를 관할 세무서에 제출해야 특례가 적용되므로, 인사·재무 담당자가 제출 기한(행사 연도의 다음 연도 2월 말)을 놓치지 않도록 관리해야 합니다.
② 세액 분할납부 특례
- 비과세 한도(연 2억 원)를 초과하는 행사이익에 대해서는 소득세를 5년에 걸쳐 나눠 낼 수 있는 분할납부 특례를 활용할 수 있습니다. 목돈 세금을 한 번에 부담해야 하는 임직원의 자금 압박을 덜어주는 장치입니다.
③ 행사이익 과세특례(양도소득 전환) (조특법 제16조의4)
- 일정 요건을 갖춘 "적격주식매수선택권"을 행사하는 경우, 행사 시점에는 과세하지 않고 나중에 주식을 실제로 양도할 때 양도소득세로 과세받도록 선택할 수 있습니다.
- 양도소득세율이 근로소득세율보다 낮은 경우가 많아, 행사이익 규모가 클수록 절세 효과가 커질 수 있는 구조입니다. 다만 요건(벤처기업 요건, 부여 시기, 신청 절차 등)이 까다로우므로 사전에 요건 충족 여부를 확인해야 합니다.
(4) 시가 미만 발행 한도 확대 (2026년 개정 사항)
2026년 1월부터 중소벤처기업부가 벤처기업이 시가 이하로 발행할 수 있는 스톡옵션의 한도를 임직원 1인당 20억 원으로 확대했습니다. 이는 스톡옵션 설계 전략(부여 규모, 행사가액 책정)에 직접적인 영향을 주는 변경 사항이므로, 최근에 스톡옵션 발행을 계획 중이라면 반드시 최신 기준으로 재검토해야 합니다.
(5) 행사가액 책정 시 세무적 함정
- 시가보다 현저히 낮은 가액(예: 액면가)으로 스톡옵션을 발행하면 회계상 비용이 커질 뿐 아니라, 세무상으로도 부당행위계산부인 등 이슈가 발생할 소지가 있습니다.
- 투자를 받은 회사라면 최근 투자 라운드의 단가를 기준으로 70~100% 수준에서 행사가액을 정하는 경우가 일반적이며, 벤처기업 요건을 충족하면 시가보다 낮게 발행하더라도 세제 혜택을 받을 수 있는 요건이 별도로 있으니 확인이 필요합니다.
스톡옵션은 설계만 잘 해두면 회사에는 현금 유출 없는 강력한 보상 수단이 되고, 임직원에게는 세제 혜택까지 더해진 매력적인 보상이 될 수 있습니다. 특히 벤처기업 특례(비과세, 분할납부, 과세특례)와 2026년 개정된 시가 미만 발행 한도 확대는 스톡옵션 설계 전략에 직접적인 영향을 주는 사안이므로, 발행 전 반드시 회계 전문가와 구조를 점검하시길 권합니다.
