고용이 감소했어도, 5개년 검토로 찾은 법인세 경정청구 기회

고용이 늘었다가 감소한 기업의 공제 검토

최근 직원 수가 줄었더라도 과거 고용이 증가한 시기와 이후 변동을 함께 살펴보면 놓친 세액공제를 찾을 수 있습니다.

이번 사례는 건축설계업을 영위하는 A사의 2019~2023년 5개년 고용 현황을 검토해, 2020~2022 사업연도 법인세 경정청구로 연결한 업무입니다.

고용이 감소한 해만 보고 판단하지 않고 공제 발생연도별 요건을 확인한 것이 핵심입니다.

A사는 2020년과 2021년에 상시근로자 수가 증가한 뒤, 2022년과 2023년에는 감소했습니다. 이 때문에 증가 인원에 공제액을 곱하는 계산과 함께, 어느 연도의 고용 증가분을 기준으로 공제받는지 구분하는 작업이 필요했습니다.

검토 자료에는 연도별 입·퇴사일, 보험 및 원천징수 신고 여부, 임원·특수관계인 등 공제 대상 판단을 위한 항목이 정리되어 있었습니다. 이를 바탕으로 연도별 상시근로자 수와 공제 신청액을 정리했습니다.

첫째, 세법상 상시근로자 수의 증가분을 확인했습니다.

공제 검토에 사용한 상시근로자 수는 연말 재직 인원과 구분됩니다. A사의 계산표상 연평균 상시근로자 수는 2019년 310.75명에서 2020년 344.66명으로 33.91명 증가했습니다. 이 증가분에 대한 고용증대세액공제를 검토했습니다.

※ 공제 검토 계산표에 따른 연평균 상시근로자 수입니다. 증감은 표에 표시된 전년도 인원과의 차이이며, 비교 시작연도인 2019년의 증감은 표시하지 않았습니다.

둘째, 최초 공제연도와 이후 연도를 연결해 신청 범위를 정했습니다.

2021년에는 인원이 더 늘었지만 이후 감소한 사실까지 함께 살폈습니다. 이번 청구에는 2020년 증가분에 대한 고용증대세액공제를 2020~2022년에 반영했고, 2021년 신규 증가분에 대한 고용증대세액공제는 신청하지 않았습니다.

2022년 인원은 전년보다 감소했지만 2020년의 인원 수준보다는 많았습니다. 이처럼 직전 연도와의 비교만으로 판단하지 않고, 공제 발생연도별로 이후 고용 현황을 나누어 검토한 것이 이번 업무의 핵심입니다.

셋째, 사회보험료 공제와 실제 환급금액의 구성을 함께 정리했습니다.

고용증대세액공제 외에 사회보험료 세액공제도 검토했습니다. 계산표에서는 기존 세액공제와 최저한세를 함께 살폈으며, 결과보고서에는 법인세 경정청구액에서 농어촌특별세를 차감하고 환급가산금을 더한 금액을 구분해 정리했습니다.

경정청구 결과

실무 포인트

1. 연말 직원 수만으로 공제 여부를 판단하지 마세요.

이번 사례는 연평균 상시근로자 수를 기준으로 검토했습니다. 입·퇴사 시점과 근로계약, 임원·특수관계인 여부 등 해당 연도 규정에 따른 포함·제외 요건을 확인해야 합니다. 인사명부와 급여·보험 신고자료를 함께 대조하면 인원 산정의 누락이나 중복을 줄일 수 있습니다.

2. 고용이 줄었더라도 어느 연도와 비교하는지 확인하세요.

A사의 2022년 상시근로자 수는 전년보다 29명 감소했지만, 2020년보다는 14.67명 많았습니다. 공제 발생연도별로 최초 공제연도와 이후 고용 현황을 연결해 검토해야 합니다. 전년 대비 감소했다는 사실만으로 과거 증가분의 공제까지 일괄 배제해서는 안 됩니다.

3. 고용증대세액공제와 사회보험료 세액공제를 나누어 검토하세요.

두 공제는 같은 고용 증가와 관련되더라도 계산 방식과 적용 요건이 다릅니다. 적용 기간, 추가공제와 사후관리 조건은 공제별·발생연도별로 확인해야 합니다. 특히 과거 연도를 경정청구할 때는 당시 규정과 개정법의 적용례를 확인하고, 현재 제도의 설명을 그대로 옮기지 않아야 합니다.

4. 공제액과 최종 환급액을 구분하세요.

공제액을 계산한 뒤에는 기존 공제·감면과의 중복 적용 여부, 최저한세 등 실제 적용 범위를 확인해야 합니다. 이번 사례처럼 농어촌특별세와 환급가산금이 반영되면 법인세 경정청구액과 최종환급액이 달라집니다. 결과를 설명할 때도 청구액·결정액·실제 입금액을 구분하는 것이 좋습니다.

5. 청구 기한과 증빙을 사업연도별로 관리하세요.

여러 연도를 한꺼번에 검토하더라도 청구 가능 기한과 입증 자료는 연도별로 확인해야 합니다. 법인세 신고서, 공제명세서, 인원·급여 자료, 사회보험 자료를 연결해 보관하고, 결과가 확정되면 결정통지와 환급 내역까지 대조해 정리하세요.

맺으며

과거 인원이 증가했지만 공제 여부를 충분히 검토하지 못했다면, 해당 연도의 법인세 신고서와 인원·급여 자료를 바탕으로 공제 적용 가능성을 확인해 보시기 바랍니다.

※ 이 글은 2020~2022 사업연도에 대한 수행 사례입니다. 다른 기업이나 다른 사업연도에는 사실관계와 해당 시점의 규정을 별도로 검토해야 합니다.