일반세무

스타트업이 꼭 챙겨야 할 세액공제 3가지

2026.10.18 · 이원준 회계사 작성
스타트업이 꼭 챙겨야 할 세액공제 3가지

"아직 적자인데 세금 혜택이 무슨 의미가 있나요?"
스타트업 대표님들께 자주 듣는 질문입니다. 하지만 세액공제는 지금 당장 못 쓰더라도 10년간 이월되기 때문에, 적자 시기에 챙겨둔 공제가 흑자 전환 후 법인세를 크게 줄여줍니다. 스타트업이 가장 많이 활용하는 세액공제 3가지를 간단히 정리했습니다.


연구·인력개발비 세액공제

기술 기반 스타트업이라면 가장 먼저 챙겨야 할 공제입니다.

  • 대상: 연구개발 인력 인건비, 연구용 재료비 등
  • 혜택: 중소기업은 해당 비용의 25%(또는 직전 연도 대비 증가분의 50%)를 세액공제
  • 포인트: 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 인정받아야 하고, 연구노트 등 증빙을 꾸준히 관리해야 합니다. 사후 세무조사에서 자주 문제 되는 부분이므로 형식 요건을 처음부터 갖추는 것이 중요합니다.


통합고용세액공제

채용이 늘어나는 성장기 스타트업에 유리한 공제입니다.

  • 대상: 전년 대비 상시근로자 수가 늘어난 기업
  • 혜택: 증가한 인원 1인당 일정 금액을 공제하며, 청년·장애인·고령자 등은 공제액이 더 큽니다. 중소기업은 최대 3년간 공제받을 수 있습니다.
  • 포인트: 공제를 받은 뒤 2년 안에 인원이 줄면 공제액을 다시 납부해야 하므로, 채용 계획과 함께 검토해야 합니다.


통합투자세액공제

설비나 장비에 투자하는 스타트업이라면 확인해 보세요.

  • 대상: 사업용 기계장치, 일정한 소프트웨어 등 사업용 자산 투자
  • 혜택: 중소기업은 투자금액의 10%(기본공제)를 공제하고, 투자가 직전 3년 평균보다 늘면 추가공제도 가능합니다.
  • 포인트: 토지·건물, 차량 등 일부 자산은 제외되므로 투자 전에 대상 여부를 확인하세요.


정리

구분이런 스타트업에 유리
연구·인력개발비 세액공제연구 인력이 있는 기술 스타트업
통합고용세액공제직원 수가 늘고 있는 스타트업
통합투자세액공제장비·설비 투자가 있는 스타트업


세액공제는 신청하지 않으면 받을 수 없고, 요건을 갖추지 못하면 나중에 추징될 수도 있습니다. 매년 법인세 신고 전에 놓친 공제가 없는지 꼭 점검해 보시길 권합니다.

이원준 회계사

이원준 회계사는 다년간의 세무 및 회계 경험을 바탕으로 스타트업부터 대기업까지 다양한 고객에게 신뢰할 수 있는 전문 서비스를 제공합니다.

이원준 회계사 프로필로 이동
이원준 회계사

상담신청

전문가와 함께, 정확한 해답을 찾아보세요.

이메일필수
문의 서비스필수
알게 된 경로필수

상담 신청 시 개인정보 수집 및 이용에 동의하는 것으로 간주됩니다.