일반세무

주식을 샀을 뿐인데, 왜 취득세를 내야 할까?

2026.10.14 · 유재일 회계사 작성
주식을 샀을 뿐인데, 왜 취득세를 내야 할까?

비상장법인 지분 인수를 앞둔 대표님께 받는 질문이 있습니다.

"부동산을 사는 게 아니라 주식을 사는 건데, 취득세가 나올 수도 있나요?"

나올 수 있습니다. 인수 후 특수관계인 지분과 합쳐 50%를 넘으면, 법인이 가진 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세가 부과됩니다. 이를 과점주주 간주취득세라고 합니다.

오늘은 과세 요건, 세액 계산, 지분율 변동에 따른 과세 범위를 정리해 보겠습니다.

1. 간주취득세란

법인 주식을 취득해 과점주주가 되면, 그 과점주주가 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 봅니다(지방세법 제7조 제5항).

과점주주는 의결권을 통해 법인 자산을 지배할 수 있으므로, 자산을 직접 취득한 것과 같이 본다는 취지입니다.

(1) 대상 법인 : 비상장법인입니다. 유가증권시장·코스닥시장 상장법인은 제외됩니다.

(2) 과점주주 : 주주 1명과 특수관계인의 지분 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과하고, 그 권리를 실질적으로 행사하는 자들입니다(지방세기본법 제46조 제2호). 지분율은 의결권 없는 주식을 빼고 계산합니다. 특수관계인에는 친족, 주주인 임원·사용인, 지배관계에 있는 법인 등이 포함됩니다(지방세법 시행령 제10조의2).

(3) 과세대상 자산 : 부동산뿐 아니라 차량, 기계장비, 골프회원권 등 취득세 과세대상 자산이 모두 포함됩니다. 법인이 신탁한 부동산도 포함됩니다.

2. 세액 계산

(1) 과세표준 : 과점주주가 된 날 현재 법인 장부상 과세대상 자산 총액을 발행주식 총수로 나누고, 과점주주가 취득한 주식 수를 곱합니다(지방세법 제10조의6 제4항).

시가나 공시가격이 아니라 장부가액이 기준입니다. 재평가로 장부가액을 올려두었다면 그 금액이 그대로 과세표준에 반영됩니다.

(2) 세율 : 취득세 2%(중과기준세율)에 농어촌특별세 0.2%를 더해 **2.2%**입니다(지방세법 제15조 제2항 제3호). 법인이 고급주택, 회원제 골프장, 고급오락장 등을 보유하고 있으면 취득세율이 10%(2%의 5배)로 높아집니다.

(3) 신고·납부 : 과점주주가 된 날부터 60일 이내에 자산 소재지 지방자치단체에 신고·납부합니다. 과점주주들은 연대납세의무를 집니다.

예를 들어, 부동산 장부가액이 50억 원인 법인의 지분 70%를 보유하게 되면 과세표준은 35억 원, 세액은 약 7,700만 원입니다.

3. 과세되지 않는 경우

(1) 법인 설립 시 발행하는 주식을 취득해 과점주주가 된 경우

(2) 과점주주 집단 내에서 주식이 이전되어, 집단 전체의 지분율에 변동이 없는 경우

(3) 유상감자나 회사의 자기주식 취득으로 지분율이 높아진 경우. 주주가 주식을 취득한 것이 아니기 때문입니다.

(4) 무상증자로 주식 수는 늘었지만 지분율에 변동이 없는 경우

4. 지분율 변동에 따른 과세 범위

지분율이 바뀔 때마다 과세 범위가 달라집니다(지방세법 시행령 제11조).

(1) 일반주주에서 최초로 과점주주가 된 경우 : 그날 보유한 지분 전체가 과세 대상입니다. 30%에서 60%가 되면 60% 전체에 과세합니다. 증자 때 실권주를 인수해 과점주주가 된 경우도 같습니다.

(2) 기존 과점주주의 지분이 늘어난 경우 : 증가분만 과세합니다. 70%에서 90%가 되면 20%분입니다. 다만 이전 최고 지분율을 넘는 부분만 과세하므로, 80%에서 60%로 줄었다가 85%가 되면 5%분만 과세합니다.

(3) 과점주주에서 일반주주가 되었다가 다시 과점주주가 된 경우 : 이전에 과점주주가 된 당시 비율보다 늘어난 부분만 과세합니다. 60%에서 40%로 줄었다가 75%가 되면 15%분입니다.

(4) 주식을 전부 양도했다가 다시 과점주주가 된 경우 : (3)의 규정은 과점주주에서 '일반주주'가 된 사람을 대상으로 합니다(2018년 개정). 주식을 전부 팔아 주주가 아니었던 사람은 여기에 해당하지 않습니다. 따라서 다시 과점주주가 되면 최초 과점주주로 보아 보유 지분 전체에 과세합니다.

(5) 지분이 줄어든 경우 : 이미 낸 간주취득세는 환급되지 않습니다.

5. 실무상 확인할 사항

(1) 인수 전에 대상 법인의 과세대상 자산과 장부가액을 확인합니다.

(2) 본인 지분만이 아니라 배우자·자녀 등 특수관계인 지분을 합산해 50% 초과 여부를 판단합니다.

(3) 증자, 실권주 배정, 가족 간 주식 증여로 지분율이 바뀌는 경우도 과세 대상이 될 수 있습니다.

(4) 지분율 변동 이력을 관리해야 이후 추가 취득 때 과세 범위를 판단할 수 있습니다.

마무리

간주취득세는 신고납부 세목입니다. 신고하지 않으면 가산세가 붙습니다.

지분 인수나 증자, 가족 간 지분 이전을 계획하고 있다면, 거래 전에 지분율 변동 이력과 법인 자산 현황을 함께 검토해 보시기 바랍니다.