세무

부동산과다보유법인, 주식 양도·평가 시 무엇이 달라지나

2026.09.18 · 유재일 회계사 작성
부동산과다보유법인, 주식 양도·평가 시 무엇이 달라지나

법인의 자산 중 부동산이 차지하는 비중이 일정 수준을 넘으면, 세법은 그 법인의 주식을 일반 주식과 다르게 취급합니다. 주식 거래를 앞두고 있거나 비상장주식 평가를 진행 중이라면 아래 내용을 미리 확인할 필요가 있습니다.

부동산과다보유법인이란

법인의 자산총액 중 토지·건물 등 부동산 관련 자산의 비율이 50% 이상인 법인을 말합니다. 자산총액은 세무상 장부가액을 기준으로 하되, 토지·건물의 기준시가가 장부가액보다 크면 기준시가로 계산합니다. 주식 양도 직전 차입 등으로 비율을 인위적으로 낮추는 것을 막기 위해, 직전 1년간 차입금·증자 등으로 늘어난 현금·대여금 등은 자산총액 계산에서 제외됩니다.

양도소득세: "기타자산"으로 분류되는 경우

부동산 비중이 높은 법인의 주식은 다음 두 가지 경우 "기타자산"으로 분류되어 일반 주식과 다른 과세 체계가 적용됩니다.

  • 과점주주 주식: 부동산가액비율 50% 이상 + 과점주주 요건(1인과 기타주주 합산 지분 50% 초과) + 양도비율 요건(과점주주가 전체 주식의 50% 이상을 외부에 양도)을 모두 충족하는 경우
  • 특정법인 주식: 부동산가액비율 80% 이상 + 골프장업·스키장업 등 특정 업종에 해당하는 경우

기타자산으로 분류되면 다음과 같은 불이익이 발생합니다.

  • 일반 주식의 10~30% 세율 대신 기본세율(6~45%)이 적용되고, 비사업용 토지 비중이 50% 이상이면 기본세율+10%(16~55%)까지 적용됩니다. 이 세율은 국세인 소득세 기준이며, 여기에 지방소득세(소득세액의 10%)가 별도로 부과됩니다.
  • 예정신고·납부기한이 "양도일이 속한 반기 말일부터 2개월"이 아니라 "양도일이 속한 달의 말일부터 2개월"로 앞당겨집니다. 이 기한을 놓치면 무신고가산세가 부과될 수 있습니다.
  • 일반 주식과의 양도차손 통산이 불가능하며, 한 해에 기타자산을 두 건 이상 양도하면 개별 계산 세액과 합산 계산 세액 중 큰 금액으로 비교과세됩니다.

상증세법상 비상장주식 평가 시 차이

비상장주식 보충적 평가는 통상 순손익가치와 순자산가치를 3:2로 가중평균합니다. 그러나 부동산과다보유법인은 이 비율이 2:3으로 바뀌어 순자산가치의 비중이 커집니다. 부동산과다보유법인 판정 기준은 소득세법상 과점주주 주식 규정(부동산가액비율 50% 이상)을 그대로 인용합니다.

다음 법인은 가중평균 대신 순자산가치 100%로 평가합니다.

  • 청산절차 진행 중인 법인
  • 부동산가액비율(타 부동산과다보유법인 주식가액 포함) 80% 이상인 법인 (가중평균액이 순자산가치보다 낮은 경우)
  • 자산총액 중 주식 비중이 80% 이상인 법인 (가중평균액이 순자산가치보다 낮은 경우)

실무 체크포인트

부동산과다보유법인 해당 여부는 양도일 현재 자산총액을 기준으로 판정하며, 양도일 현재 자산총액을 알 수 없으면 직전 사업연도 종료일 자산총액을 기준으로 판정합니다. 법인 주식을 양도하기 전, 또는 비상장주식 가치평가를 진행하기 전에 해당 법인의 부동산 비중을 먼저 확인하는 것이 필요합니다. 일반 주식으로 판단해 신고했다가 사후에 기타자산으로 확인되면 무신고가산세 등 예상치 못한 불이익으로 이어질 수 있습니다.