우리 회사주식을 팔면 세금을 내야할까?

투자 유치 과정에서 구주를 일부 넘기거나, 공동창업자의 지분을 정리하거나, 자녀에게 회사를 물려주기 위해 지분을 옮기는 순간. 대표님들이 가장 먼저 던지는 질문이 이것입니다.

"상장도 안 된 회사 주식인데, 팔면 세금을 내나요?"

결론부터 말씀드리면 냅니다. 그것도 적지 않게 냅니다. 오늘은 비상장주식 양도소득세의 구조를 대주주 판단기준과 세율 중심으로 정리해 드립니다.

1. 비상장주식은 원칙적으로 모두 과세됩니다

상장주식은 일반 투자자가 증권시장에서 매도하면 양도소득세가 없습니다. 이 때문에 "주식은 팔아도 세금이 없다"고 알고 계신 분이 많은데, 이는 상장주식 장내거래에만 해당하는 이야기입니다.

비상장주식은 다릅니다. 양도차익이 발생하면 원칙적으로 전부 양도소득세 과세 대상입니다. 예외는 K-OTC(금융투자협회가 운영하는 장외시장)를 통해 중소·중견기업 주식을 양도하는 소액주주 정도입니다.

즉 비상장주식에서 대주주 여부는 "세금을 내느냐"의 문제가 아니라 "얼마나 내느냐"의 문제입니다.

2. 세율을 가르는 두 가지 변수

비상장주식 양도소득세율은 아래 두 가지 조합으로 결정됩니다.

▶ 양도자가 대주주에 해당하는지 ▶ 발행법인이 중소기업에 해당하는지

여기에 대주주가 중소기업이 아닌 법인의 주식을 1년 미만 보유하고 팔았는지 여부가 더해집니다. 순서대로 보겠습니다.

3. 비상장주식 대주주 판단기준

아래 두 요건 중 하나만 충족해도 대주주입니다.

▶ 지분율 요건 : 발행주식총수의 4% 이상 / 시가총액 요건 : 보유주식 평가액 50억 원 이상

시가총액 50억 원 기준은 2024년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다. 그 이전 양도분에는 10억 원 기준이 적용되므로 과거 거래를 소급 검토할 때는 시점을 반드시 확인해야 합니다.

▶ 판정 시점

양도일이 속하는 사업연도의 '직전 사업연도 종료일' 기준입니다. 12월 결산법인이라면 직전연도 12월 31일 현재의 지분율과 평가액을 봅니다. 다만 직전 사업연도 종료일에는 미달했더라도 연중에 주식을 추가 취득해 지분율 4%를 넘기면, 그 취득일 이후 양도분부터 대주주로 봅니다.

▶ 시가는 어떻게 계산하나요?

시세가 없으므로 상속세 및 증여세법상 평가액을 사용합니다. 매매사례가액이 없다면 보충적 평가방법(순손익가치와 순자산가치의 가중평균)으로 1주당 가액을 산정한 뒤 보유 주식 수를 곱합니다. 보통주와 우선주 등 종류주식은 합산해 판단합니다.

▶ 실무에서는 대부분 대주주입니다

법인을 직접 설립해 운영하는 대표님이라면 지분율이 4%를 훌쩍 넘기 때문에, 회사 규모나 주식 가치와 무관하게 대주주에 해당합니다. 공동창업이나 소수지분 참여로 지분율이 4% 미만인 경우에만 시가총액 요건을 별도로 따져보면 됩니다.

참고로 벤처기업 주식이나 K-OTC 등록 주식 등은 별도 기준이 적용될 수 있어 개별 확인이 필요합니다.

4. 세율

▶ 대주주가 아닌 경우

* 중소기업 주식 : 10%

* 중소기업 외 주식 : 20%

▶ 대주주인 경우

* 과세표준 3억 원 이하분 : 20%

* 과세표준 3억 원 초과분 : 25%

* 중소기업 외 법인의 주식을 1년 미만 보유하고 양도한 경우 : 30% 단일세율

대주주에게는 중소기업 여부와 관계없이 20~25% 누진구조가 적용됩니다. 1년 미만 단기보유 중과 30%는 중소기업이 아닌 법인에만 적용된다는 점도 함께 기억해 두시면 좋습니다.

여기에 산출세액의 10%가 지방소득세로 별도 부과되므로, 실제 부담률은 11% / 22% / 27.5% / 33%가 됩니다.

5. 사례로 확인해보기

비상장 중소기업 주식을 양도해 양도차익 3억 원이 발생한 경우를 비교해 보겠습니다.

▶ 지분율 3%, 평가액 10억 원을 보유한 주주

대주주가 아니므로 10%가 적용됩니다. (3억 원 - 기본공제 250만 원) × 10% = 2,975만 원 지방소득세 포함 약 3,273만 원

▶ 지분율 60%를 보유한 대표

대주주이므로 20%가 적용됩니다. (3억 원 - 기본공제 250만 원) × 20% = 5,950만 원 지방소득세 포함 약 6,545만 원

같은 회사, 같은 차익인데 세금은 두 배입니다.

6. 신고와 납부

▶ 예정신고 : 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 신고·납부합니다. 상반기 양도분은 8월 31일까지, 하반기 양도분은 다음 해 2월 28일까지입니다.

▶ 확정신고 : 같은 해에 2회 이상 양도해 합산이 필요한 경우 다음 해 5월에 확정신고를 합니다.

▶ 기본공제 : 연 250만 원이며, 부동산 등과는 별도 그룹으로 관리됩니다.

▶ 증권거래세 : 비상장주식 장외거래는 0.35%이며, 양도차손이 나더라도 부담합니다. 이 경우 본인이 직접 신고·납부해야 한다는 점을 놓치기 쉽습니다.

▶ 지방소득세 : 양도소득세와 별도로 관할 지자체에 신고·납부합니다.

7. 실무에서 반드시 챙길 세 가지

▶ 가격이 먼저입니다

특수관계인 간 거래에서 시가보다 낮게 양도하면 부당행위계산부인으로 시가 기준 과세가 이루어지고, 매수자에게는 증여세가 과세될 수 있습니다. 비상장주식 거래는 계약서를 쓰기 전에 평가액 산정을 먼저 마쳐야 합니다.

▶ 가족에게 증여받은 주식은 1년을 확인하세요

배우자나 직계존비속으로부터 증여받은 주식을 1년 이내에 양도하면 이월과세가 적용되어, 증여받은 가액이 아니라 증여자의 당초 취득가액으로 양도차익을 계산합니다. 증여를 통한 취득가액 상향 효과를 기대했다가 그대로 과세되는 경우가 많습니다.

▶ 시점 설계가 곧 절세입니다

구주매각, 지분 정리, 가업승계는 양도 시점과 방식에 따라 세부담이 크게 달라집니다. 거래 조건이 확정된 뒤에는 선택지가 거의 남지 않습니다.