중소기업유예기간 제조업 A사 법인세 경정청구

"이제 중소기업이 아니니까요"라는 오해

회사가 성장해 매출이나 자산 규모가 중소기업 기준을 넘어서면, 많은 기업이 그해부터 중소기업 세제혜택이 끝났다고 판단합니다. 그러나 세법은 성장한 기업이 곧바로 혜택을 잃지 않도록 '중소기업 유예기간'을 두고 있습니다. 규모 기준을 초과한 사업연도와 그 이후 3개 사업연도까지는 계속 중소기업으로 보는 제도입니다(조세특례제한법 시행령 제2조 제2항).

이번에 소개할 사례는 이 유예기간을 놓쳐 5년 동안 감면을 받지 못한 기업의 이야기입니다.

사례 개요

A사는 비수도권에 본점을 둔 제조업 법인입니다. 성장 과정에서 중소기업 규모 기준을 넘어섰고, 이후 법인세 신고에서 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법 제7조)을 적용하지 않았습니다. 유예기간 중이어서 여전히 중소기업으로 볼 수 있었는데도 감면 신청을 빠뜨린 것입니다.

2019~2023 사업연도의 신고 내용을 다시 검토했고, 다음 두 가지를 확인했습니다.

첫째, 중소기업 특별세액감면입니다. A사는 수도권 밖에 있는 제조업 중기업이라 산출세액의 15%를 감면받을 수 있었습니다. 유예기간 중에도 중소기업으로 보기 때문에 감면 요건을 그대로 갖추고 있었습니다.

둘째, 고용증대세액공제입니다(조특법 제29조의7). 해당 기간 상시근로자 수가 늘어난 연도가 있었는데, 이 공제도 신청하지 않았습니다. 고용증대세액공제는 중소기업 특별세액감면과 함께 적용할 수 있어 두 혜택을 동시에 청구했습니다.

경정청구 결과

2024년 12월, 5개 사업연도를 한꺼번에 경정청구했습니다.

특히 2019 사업연도는 경정청구 기한(법정신고기한 후 5년)이 2025년 3월 말에 끝날 예정이었습니다. 검토가 몇 달만 늦었어도 이 해의 환급은 영영 받을 수 없었습니다.

실무 포인트

1. 규모 기준을 넘었다고 바로 포기하지 마세요. 기준을 처음 넘은 해부터 유예기간이 시작됩니다. 다만 중소기업이 아닌 기업과 합병한 경우처럼 유예기간을 적용받지 못하는 사유도 있어 개별 검토가 필요합니다.

2. 감면과 공제의 중복 가능 여부를 확인하세요. 조특법은 원칙적으로 중복 적용을 제한하지만, 중소기업 특별세액감면과 고용증대세액공제는 함께 받을 수 있습니다.

3. 최저한세와 감면 한도를 함께 계산하세요. 중소기업 특별세액감면에는 연간 한도가 있고, 두 혜택 모두 최저한세 적용 대상이므로 실제 환급액은 이를 반영해 산정해야 합니다.

4. 5년 경정청구 기한을 확인하세요. 가장 오래된 사업연도부터 기한이 끝나므로 검토는 빠를수록 좋습니다.

맺으며

세법상 혜택은 신청하지 않으면 받을 수 없습니다. 기업이 성장하는 시기에는 업무가 바빠 세무상 권리를 놓치기 쉽습니다. 최근 몇 년 사이 규모가 커졌거나 고용이 늘었다면, 지난 5년 치 신고를 한 번 다시 살펴보시기 바랍니다.