스톡옵션 비과세, 벤처기업은 연 2억원·누적 5억원까지 행사이익에 소득세가 없습니다

벤처기업에서 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션을 행사하면, 행사이익 중 연 2억원까지는 소득세가 과세되지 않고 벤처기업별 누적 5억원까지만 이 혜택을 받을 수 있습니다(조세특례제한법 제16조의2 제1항). 스톡옵션은 행사하는 시점에 이익이 생긴 것으로 보아 세금이 나오기 때문에, 주식을 팔아 현금이 들어오기 전에 세금부터 내야 하는 경우가 많습니다. 이 글에서는 스톡옵션 비과세의 대상과 한도, 한도를 넘는 부분의 납부 방법, 퇴직 후 행사 때 달라지는 점을 정리합니다. 2026년 10월 현행 법령 기준으로 정리했습니다.

스톡옵션 행사이익은 어떤 소득으로 과세되나요?

행사이익은 행사 당시의 시가와 실제 매수가액의 차액입니다. 재직 중에 행사하면 근로소득, 퇴직 후에 행사하면 기타소득으로 과세됩니다.

재직 중 행사 이익은 근로소득에 포함됩니다(소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호). 퇴직 전에 부여받은 스톡옵션을 퇴직 후에 행사하거나, 고용관계 없이 부여받아 행사해서 얻은 이익은 기타소득입니다(소득세법 제21조 제1항 제22호).

비과세 특례는 어떤 스톡옵션에 적용되나요?

벤처기업의 임원·종업원이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션이 대상입니다. 퇴직 후에 행사하는 경우도 포함됩니다(조세특례제한법 제16조의2 제1항).

벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업의 임원·종업원도 대상에 들어갑니다(같은 법 시행령 제14조의2 제1항). 적용되는 스톡옵션은 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따라 부여받은 것이 원칙이고, 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따른 스톡옵션은 코넥스상장기업에서 받은 경우로 한정됩니다(조세특례제한법 제16조의2 제2항).

따라서 벤처기업이 아닌 회사에서 받은 스톡옵션은 이 특례의 대상이 아니어서 행사이익이 그대로 과세될 수 있습니다. 행사하기 전에 부여 시점과 회사의 벤처기업 해당 여부부터 확인하셔야 합니다.

연 2억원과 누적 5억원 한도는 어떻게 계산하나요?

연간 2억원 이내의 금액에 대해 소득세를 과세하지 않되, 비과세되는 행사이익의 벤처기업별 누적 금액은 5억원을 넘을 수 없습니다(조세특례제한법 제16조의2 제1항). 연 한도와 누적 한도를 함께 적용해야 합니다.

예를 들어 같은 벤처기업에서 3년 연속 매년 행사이익이 3억원이라고 가정해 보겠습니다. 첫해와 둘째 해는 연 한도인 2억원씩만 비과세이고, 셋째 해에는 누적 한도가 1억원만 남아 있어 1억원만 비과세입니다.

행사 시기를 나누면 연 한도를 여러 해에 걸쳐 쓸 수 있지만, 어느 경우에도 누적 5억원이 상한입니다.

비과세 한도를 넘는 세금은 나눠서 낼 수 있나요?

비과세되지 않는 행사이익에 대한 소득세는 신청하면 5분의 4를 4년에 걸쳐 나눠 낼 수 있습니다. 행사 때 현금이 들어오지 않는 경우를 감안한 납부특례입니다(조세특례제한법 제16조의3 제1항).

납부특례를 신청하면 행사 때 원천징수를 하지 않습니다. 행사한 해의 종합소득세 확정신고 때 행사이익을 포함해 신고하되, 행사이익에 관련한 세액의 5분의 4는 제외하고 납부합니다. 제외한 금액은 그다음 4개 연도의 확정신고 때 4분의 1씩 납부합니다(같은 조 제1항 제1호부터 제3호). 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 이 특례를 쓸 수 없습니다.

예를 들어 행사이익 때문에 늘어나는 소득세액이 3,000만원이라고 가정해 보겠습니다. 5분의 4인 2,400만원이 분할납부 대상이므로 행사한 해에는 600만원을 내고, 이후 4년 동안 매년 600만원씩 냅니다.

신청서는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 원천징수의무자에게 제출합니다(조세특례제한법 시행령 제14조의3 제2항). 이 기간 안에 내지 못했다면 행사한 해의 종합소득세 확정신고 때 납세지 관할 세무서장에게 제출할 수 있습니다(같은 조 제5항).

행사할 때 과세하지 않고 주식을 팔 때 내는 방법도 있나요?

요건을 갖춘 스톡옵션(적격주식매수선택권)은 행사 때 소득세를 과세하지 않고, 취득한 주식을 양도할 때 양도소득세로 과세받을 수 있습니다(조세특례제한법 제16조의4 제1항·제2항). 신청해야 하며 요건이 까다롭습니다.

행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지의 전체 행사가액이 5억원 이하여야 합니다(같은 조 제1항 제2호). 행사로 취득한 주식은 전용계좌로만 거래해야 합니다(같은 조 제8항).

주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면(파산 등 부득이한 사유는 제외), 행사 때의 이익이 소득세로 과세됩니다(같은 조 제5항 제1호). 전체 행사가액이 5억원을 넘거나 전용계좌 외의 주식을 거래한 경우에도 같은 결과가 됩니다(같은 항 제2호·제3호). 미뤄 둔 세금이 한꺼번에 나올 수 있으므로 선택하기 전에 요건을 점검하셔야 합니다.

실무 포인트

① 대상 여부부터 확인하세요. 부여일과 벤처기업 해당 여부를 먼저 확인하세요. 부여일이 2027년 12월 31일 이전이어야 하고, 부여한 회사가 벤처기업 또는 벤처기업이 30% 이상 인수한 기업이어야 비과세 특례를 검토할 수 있습니다.

② 연 한도와 누적 한도를 함께 계산하세요. 행사한 해의 행사이익과 지난해까지 비과세받은 금액을 합산해 연 2억원, 누적 5억원 한도를 계산해 보시고, 행사 시기를 나눌지 판단하시기 바랍니다.

③ 신청 기한을 달력에 적어 두세요. 납부특례 신청서는 행사일이 속하는 달의 다음 달 5일까지 회사에 내야 합니다. 현금으로 차액을 받는 방식은 특례 대상이 아니므로 보상 방식도 미리 확인해 두시기 바랍니다. 비과세를 적용하는 경우 회사는 비과세특례적용명세서를 행사한 해의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 하므로(조세특례제한법 시행령 제14조의2 제2항) 회사 담당자에게 제출 여부를 확인해 두세요.

회사가 스톡옵션을 설계할 때 챙길 점은 「스톡옵션 발행, 세무 관점에서 무엇을 챙겨야 할까」 칼럼에 정리해 두었습니다.

스톡옵션은 행사 시기와 방식에 따라 세금이 크게 달라질 수 있습니다. 행사를 앞두고 계시거나 스톡옵션 제도를 설계 중이시라면 모두세무회계그룹에 편하게 상담해 주시기 바랍니다.