의료비 세액공제, 총급여 3%를 넘는 금액부터 15%가 공제되고 실손보험금은 빠집니다

의료비 세액공제는 총급여의 3%를 넘게 쓴 의료비에 대해 15%를 소득세에서 빼 주는 제도이고 실손보험금으로 돌려받은 금액은 공제 대상에서 빠집니다(소득세법 제59조의4 제2항, 같은 법 시행령 제118조의5 제1항). 본인, 65세 이상 부모님, 6세 이하 자녀, 장애인 등을 위해 쓴 의료비는 연 700만원 한도도 적용되지 않습니다. 2026년 11월 현행 법령 기준으로 정리했습니다.

올해 의료비는 12월 31일까지 지급한 금액만 올해 연말정산에 들어갑니다. 연말 전에 공제 구조를 한 번 확인해 두면 어떤 지출이 실제로 세금을 줄이는지 미리 알 수 있습니다.

의료비 세액공제는 총급여 3% 문턱부터 계산합니다

공제 대상은 근로소득이 있는 거주자(일용근로자 제외)가 기본공제대상자를 위해 지급한 의료비입니다. 이때 기본공제대상자는 나이와 소득 제한을 받지 않습니다(소득세법 제59조의4 제2항). 그래서 소득이 있는 부모님이라도 내가 부양하고 있다면 그 의료비는 공제 대상이 될 수 있습니다.

다만 의료비 전액이 공제되지는 않습니다. 총급여액의 3%까지는 공제에서 빠지고 이를 넘는 금액부터 공제율을 곱합니다. 총급여 5,000만원인 근로자라면 150만원까지 쓴 의료비로는 공제가 생기지 않습니다(같은 항 제1호).

6세 이하는 과세기간 개시일(1월 1일) 현재, 65세 이상은 과세기간 종료일(12월 31일) 현재 만 나이로 판단합니다(소득세법 제59조의4 제2항 제2호 나목·다목). 중증질환자의 범위는 국민건강보험 산정특례 대상자를 기준으로 시행령이 정하고 있습니다(같은 법 시행령 제118조의5 제4항).

공제되는 의료비와 빠지는 의료비

시행령은 공제 대상 의료비를 항목별로 정해 두고 있습니다(소득세법 시행령 제118조의5 제1항).

• 의료기관에 지급한 진찰·치료·질병예방 비용
• 치료·요양을 위한 의약품 구입비(한약 포함)
• 장애인 보장구, 의사 처방에 따른 의료기기 구입·임차 비용
• 시력보정용 안경·콘택트렌즈 구입비: 1명당 연 50만원 이내
• 보청기 구입비, 노인장기요양보험 본인부담금
• 산후조리원 비용: 출산 1회당 200만원 이내

반대로 미용·성형수술 비용과 건강증진을 위한 의약품 구입비는 의료비에 포함되지 않습니다(같은 조 제2항). 영양제나 건강기능식품을 약국에서 샀더라도 치료 목적의 의약품이 아니면 공제되지 않습니다.

실손보험금은 의료비에서 뺍니다. 시행령은 공제 대상 의료비를 '해당 근로자가 직접 부담하는' 의료비로 정하면서 보험회사 등으로부터 받은 실손의료보험금을 제외하도록 하고 있습니다(같은 조 제1항). 병원비 300만원 중 실손보험금 100만원을 받았다면 공제 대상 의료비는 200만원입니다.

계산 예시: 3%에 못 미친 금액은 한도 없는 의료비에서 차감됩니다

예를 들어 총급여 5,000만원인 근로자가 올해 배우자 의료비 120만원, 본인 의료비 100만원, 72세 어머니 의료비 300만원을 지출했다고 가정해 보겠습니다(실손보험금 수령 없음, 모두 공제 대상 의료비).

배우자 의료비 120만원은 문턱을 채우는 데 먼저 쓰였고 모자란 30만원은 본인·어머니 의료비에서 빠졌습니다. 법은 일반 의료비가 총급여의 3%에 미달하면 그 미달액을 한도 없는 의료비에서 빼도록 정하고 있습니다(소득세법 제59조의4 제2항 제2호 단서).

부모님·맞벌이 배우자 의료비는 누가 공제받을까요

의료비 공제는 '기본공제대상자를 위하여' 지급한 의료비만 대상입니다(소득세법 제59조의4 제2항). 형제 중 다른 사람이 부모님을 기본공제대상자로 올렸다면 부모님은 내 기본공제대상자가 아니어서 내가 낸 병원비는 공제받기 어렵습니다. 또 공제 대상 의료비는 '해당 근로자가 직접 부담하는' 의료비입니다(소득세법 시행령 제118조의5 제1항). 맞벌이 부부라면 배우자를 위한 의료비라도 누가 실제로 결제했는지가 기준이 되므로 카드·이체 내역을 남겨 두시는 것이 좋습니다.

사업소득만 있는 개인사업자는 이 공제 대상이 아닙니다. 다만 요건을 갖춘 성실사업자와 성실신고확인서를 제출한 사업자는 2026년이 속하는 과세연도까지 지출한 의료비에 대해 같은 방식으로 공제받을 수 있고 이때는 총급여액 대신 사업소득금액을 기준으로 3% 문턱을 계산합니다(조세특례제한법 제122조의3 제1항·제2항).

실무 포인트

① 12월 31일 결제분까지만 올해 공제입니다. 공제는 해당 과세기간에 지급한 의료비를 기준으로 합니다(소득세법 제59조의4 제2항). 연내에 치료를 마치고 1월에 결제하면 내년 연말정산으로 넘어갑니다.

② 실손보험금을 뺀 금액인지 확인하세요. 보험금을 받은 의료비를 그대로 공제받으면 나중에 공제액을 돌려내야 할 수 있습니다. 연말정산 자료를 받으면 의료비 금액과 보험금 수령 내역을 함께 대조해 두시는 것이 안전합니다.

③ 누락한 의료비는 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 지난 연말정산에서 빠뜨린 부모님 의료비나 안경 구입비가 있다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제1항).

부모님을 기본공제대상자로 올릴 수 있는지는 부양가족 소득금액 100만원 기준 글에서, 중증질환자로 장애인공제까지 함께 받는 방법은 장애인공제 중증환자 글에서 확인하실 수 있습니다.

부모님 병원비를 형제 중 누가 낼지, 맞벌이 부부 중 누구 카드로 결제할지에 따라 같은 의료비라도 공제액이 달라질 수 있습니다. 올해 지출한 의료비와 가족 구성을 기준으로 공제액을 미리 계산해 보고 싶으시다면 모두세무회계그룹에 편하게 문의해 주세요.