통합고용세액공제 개편, 2026년부터 직원이 줄어도 추징 대신 그해 공제만 줄어듭니다

통합고용세액공제는 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 계산 방식이 바뀌어, 늘어난 직원 수를 해마다 직전 3개 연도와 비교해 공제하며, 새 규정으로 받는 공제분은 인원이 줄어도 이미 받은 세액을 다시 내지 않습니다(조세특례제한법 제29조의8 제1항, 제3항 삭제). 다만 2024·2025년에 늘린 인원은 종전 규정의 사후관리가 그대로 적용됩니다(부칙 제34조). 새 구조는 첫해 공제액이 줄고 인원을 2년, 3년 유지할 때 공제액이 커지는 구조라서, 채용 계획과 퇴사 관리가 곧 세금 계산이 됩니다. 중소기업(스타트업)을 기준으로, 2026년 10월 현행 법령 기준으로 정리했습니다.

무엇이 바뀌었나: 3년 고정 공제에서 연도별 비교로

종전 규정은 직전 과세연도보다 상시근로자가 늘면 증가 인원에 1인당 금액을 곱해, 중소기업은 3년간 같은 금액을 공제했습니다. 다만 2년 안에 인원이 줄면 공제를 중단하고 이미 받은 세액까지 납부해야 했습니다(2025년 12월 31일 이전 조세특례제한법 제29조의8 제1항·제3항).

개정 규정은 해당 과세연도 인원을 직전·전전·전전전 과세연도 인원과 각각 비교해 그해 공제액을 새로 계산합니다. 늘린 인원을 유지하면 둘째 해와 셋째 해에 더 높은 단가가 적용되고, 인원이 줄면 그해 공제가 줄어들 뿐 지난해 공제를 되돌려 내지 않습니다. 추징 근거였던 제3항은 2025년 12월 23일 개정으로 삭제됐습니다.

중소기업 1인당 공제액은 유지 기간에 따라 커집니다

중소기업은 청년등상시근로자와 그 밖의 상시근로자를 나눠, 비교 연도마다 다른 단가를 적용합니다(조세특례제한법 제29조의8 제1항 제1호 가목·제2호 가목). 청년등상시근로자는 15세 이상 34세 이하 정규직(병역 기간은 최대 6년 차감), 장애인, 근로계약 체결일 현재 60세 이상인 사람, 경력단절 근로자 등을 말합니다(같은 법 시행령 제26조의8 제4항).

한 명을 늘려 3년간 유지하면 수도권 청년 기준 공제액 합계는 4,000만원(700만원 + 1,600만원 + 1,700만원)으로, 종전 3년 합계 4,350만원(1,450만원 × 3)보다 조금 적습니다. 수도권 밖은 4,900만원으로 종전 4,650만원보다 많습니다. 오래 유지한 인원에 공제를 더 주는 쪽으로 무게가 옮겨진 셈입니다.

비교 대상에서 2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 빠진다는 점도 기억하셔야 합니다. 12월 결산 법인이라면 2026 사업연도에는 2025년과의 비교만, 2027 사업연도에는 전전 연도 비교까지, 2028 사업연도에 가서야 세 단계가 모두 적용됩니다.

계산 예시: 2026년에 청년 3명을 늘린 수도권 스타트업

예를 들어 수도권의 12월 결산 중소기업이 청년등상시근로자를 2025년 5명에서 2026년 8명으로 늘리고, 다른 직원 수는 그대로이며 늘어난 3명은 모두 상시근로자 요건을 갖췄다고 가정해 보겠습니다.

• 2026 사업연도: (8명 - 5명) × 700만원 = 2,100만원
• 2027 사업연도(8명 유지): 전전 과세연도 대비 3명 × 1,600만원 = 4,800만원
• 2028 사업연도(8명 유지): 전전전 과세연도 대비 3명 × 1,700만원 = 5,100만원

3년 합계는 1억 2,000만원입니다. 만약 2027년에 1명이 퇴사해 7명이 되면 그해 공제는 (7명 - 5명) × 1,600만원 = 3,200만원으로 줄어듭니다. 종전 규정이었다면 공제 중단과 함께 이미 받은 세액을 납부해야 했지만, 개정 규정에서는 2026년에 받은 2,100만원을 돌려낼 필요가 없습니다.

상시근로자 수는 연말 인원이 아니라 직원별 근무개월 수를 과세연도 개월 수로 나눈 값의 합으로 셉니다(같은 법 시행령 제26조의8 제6항, 제11조의2 제8항). 다만 개정 시행령은 '근로기간이 1년 미만인 근로자'를 상시근로자에서 제외하도록 문구를 바꿨습니다(같은 영 제26조의8 제2항 제1호). 신규 입사자를 어느 시점부터 인원에 넣는지는 국세청 해석을 확인한 뒤 계산하는 것이 안전합니다.

2025년까지 늘린 인원은 종전 규정이 계속 적용됩니다

2024년 또는 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도에 늘어난 인원은 개정 규정이 아니라 종전 규정에 따라 남은 기간 공제를 받고, 인원이 줄면 받은 세액을 납부하는 사후관리도 그대로 적용됩니다(조세특례제한법 부칙 제34조, 2025. 12. 23. 법률 제21223호).

따라서 2026년에 인원을 줄이면 새 규정상 공제가 줄어드는 데 그치지 않고, 2025년 증가분에 대한 종전 규정 추징이 함께 생길 수 있습니다. 두 규정이 한 과세연도에 같이 걸리는 시기이므로 인원 변동 계획은 연도별로 나눠 보셔야 합니다.

임원, 최대주주와 그 배우자·친족, 월 평균 근로시간 60시간 미만 단시간근로자, 근로소득세 원천징수 사실도, 국민연금·건강보험료 납부 사실도 확인되지 않는 사람은 상시근로자에서 빠집니다(같은 법 시행령 제26조의8 제2항). 소비성서비스업을 경영하는 기업은 공제 대상이 아닙니다(같은 조 제1항).

실무 포인트

① 매월 말 인원표를 지금 정리하세요. 상시근로자 수는 매월 말 근무 여부로 계산되므로 2025년과 2026년의 월별 명단(청년 여부, 입사일, 근로시간 포함)을 미리 맞춰 두면 2027년 3월 법인세 신고 때 계산 착오를 줄일 수 있습니다.

② 2025년 증가분의 사후관리 기간을 확인하세요. 2025년에 인원을 늘려 공제를 받았다면 2027년까지 인원이 그보다 줄지 않는지 점검해야 합니다.

③ 채용 시기보다 유지 기간이 공제액을 좌우합니다. 새 구조는 둘째 해 1,600만원, 셋째 해 1,700만원(수도권 청년 기준)으로 유지 기간이 길수록 공제가 커지므로, 이직이 잦은 직무는 공제 효과를 보수적으로 잡는 편이 안전합니다.

고용 관련 다른 공제는 스타트업이 꼭 챙겨야 할 세액공제 3가지에서, 청년 직원 본인이 받는 감면은 청년 직원 소득세 90% 감면, 스타트업 대표님이 챙겨야 할 신청 절차와 2026년 개정안에서 정리했습니다.

개편 첫해에는 종전 규정과 새 규정이 함께 적용돼 계산이 한층 복잡해집니다. 2025~2026년 인원 변동과 내년 채용 계획을 함께 놓고 공제액을 미리 계산해 보고 싶으시다면 모두세무회계그룹과 상담해 보시기 바랍니다.