신축 건물 원시취득 지방세 세무조사 대응

관리형토지신탁 방식으로 오피스텔과 근린생활시설을 신축한 시행사 A사(위탁자)와 신탁사 B사(수탁자)가 지방세 정기 세무조사를 받았습니다. 회계법인 모두는 세무대리인으로서 조사 대응을 맡았습니다. 조사의 핵심 쟁점은 신축 건물 원시취득에 따른 취득세 과세표준이었습니다.

A사는 신탁사 B사와 관리형토지신탁 계약을 체결했습니다. 이어 PF 대출로 자금을 조달해 대규모 오피스텔·근린생활시설을 신축하였고, 사용승인 후 신탁사 명의로 취득세를 신고하였습니다. 관할 지방자치단체는 5개 사업연도를 대상으로 취득세 등 지방세 전 세목에 대한 정기 세무조사를 실시하였습니다. 신축 건물의 취득세 과세표준에는 공사비뿐 아니라 각종 부담금, 금융비용, 용역 수수료 등 수십 개의 간접비용 항목이 포함됩니다. 이들 항목은 과세표준에 포함되는지에 대한 해석이 항목마다 갈립니다. 특히 PF 대출금 일부로 토지 브릿지 대출을 상환한 경우에는 금융비용 가운데 토지 관련분을 어떻게 구분할지가 핵심 쟁점이었습니다.

첫째, 조사 자료를 체계적으로 준비하고 제출하였습니다.

조사 대상 기간 5개년의 자료를 과세관청의 제출 목록에 맞추어 정리해 제출하였습니다. 계정별 원장, 분양원가명세서, 세무조정계산서, 공사·설계·감리 계약서, 신탁계약서와 대출약정서 등이 포함됩니다. 또한 학교용지부담금, 상·하수도원인자부담금, 전기시설부담금 등 각종 부담금은 고지서와 납부확인증을 항목별로 정리하여 과세표준 검토의 근거자료로 갖추었습니다.

둘째, 과세관청의 과세표준 산출내역을 항목별로 전수 검토하였습니다.

과세관청이 통지한 60여 개 비용 항목에 대해 당초 신고한 과세표준과 조사 결과 과세표준을 하나씩 대조하였습니다. 그리고 지방세법 시행령상 취득가격의 범위에 비추어 각 항목의 성격을 판단하였습니다. 이를 통해 건물 취득과 직접 관련이 없는 비용과 토지 취득에 귀속되어야 할 비용이 건물 과세표준에 포함된 부분을 찾아냈습니다.

셋째, 쟁점 항목마다 근거를 제시하여 소명하였습니다.

① 구외 시설 부담금: 공급자 소유로 건물 구외에 설치되는 시설의 부담금은 건물 취득가격에 해당하지 않는다는 조세심판원 결정례를 제시하였습니다. 그 결과 도시가스시설부담금은 전액 과세표준에서 제외되었습니다. 전기시설부담금도 한국전력공사 납부 내역을 추가로 입증하여 전액 제외되었습니다. 급수공사비는 그 중 법정 원인자부담금 해당분만 과세표준에 산입하도록 정정되었습니다.
② 금융비용 안분: PF 대출금 중 토지 브릿지 대출 상환에 쓰인 부분(총 대출액의 약 19%)은 토지 취득에 관련된 비용이라는 점을 소명하였습니다. 당초 이자비용에만 적용되던 안분 방식을 취급수수료와 금융주선수수료에도 똑같이 적용하도록 하였습니다.
③ 감정평가수수료: 토지 공유물분할을 위한 감정평가 계약서와 감정평가서를 제출하여, 토지 관련 감정평가수수료를 건물 과세표준에서 제외하였습니다.

결론

이번 조사 대응으로 A사는 당초 통지된 내용에서 약 13.8억 원의 과세표준을 제외받았습니다. 조사관과 여러 차례 의견을 주고받으며 수정 통지를 거쳤고, 근거에 기반한 결과로 조사를 마무리하였습니다. 신축 건물의 취득세 과세표준은 회계상 취득원가와 일치하지 않습니다. 부담금의 법적 성격, 시설의 소유 귀속, PF 자금의 사용처에 따라 같은 비용도 과세표준 포함 여부가 달라집니다. 반대로 유상옵션 공사비나 미술품 설치비처럼 신고 단계에서 놓치기 쉬운 항목도 조사 과정에서 과세표준에 추가될 수 있습니다. 따라서 신고 단계부터 항목별 성격을 판단하고 근거자료를 갖춰 두는 것이 중요합니다. 이번 사례는 회계법인 모두가 자료 준비부터 쟁점 소명까지 조사 전 과정을 대리하여, 시행사의 지방세 부담을 합리적인 수준으로 확정한 대응 사례라 할 수 있습니다.

신축 건물의 취득세 신고를 앞두고 계시거나 지방세 세무조사 통지를 받으셨다면, 과세표준 항목별로 포함 여부를 미리 점검해 보세요.